Я в изначальном вопросе намеренно не стал перегружать деталями суть дела. Интересно, что публика (в т.ч. шизеющая) скажет. (Хотя вряд ли скажет, одно дело просто "шашкой махать" "за все хорошее против всего плохого", т.е. пиздоболить и фыркать в интернете, а другое дело напрягать мозг по конкретным решениям с конкретной ответственностью, с ценой вопроса для себя в миллионы рублей)

Тем не менее, дело кратко таково. Это уже не для задачи, это я просто тебе рассказываю, "как врач врачу", т.е. оффтоп для основной публики и сути поставленного там вначале вопроса. (Хотя, если кто легко там уловил, может держать в голове несколкько сущностей и их взаимосвязей одновременно, и здесь не возбраняется)

Когда-то, навстречу малому бизнесу гос-во ввело налог ЕНВД - единый налог на вмененный доход. Он в несколько раз в сумме платежей меньше, чем обычный налоговый учет (с НДС) и соцстрах. Просто предприниматель платит, как за патент, фиксированную сумму в квартал, и не ведет вообще никаких реально документов. Просто и дешево. Казалось бы.
А на самом деле налоговые очень не любят ЕНВД, и всячески его введению препятствуют. Плюс ограничения для его введения - торговая площадь не более 150 кв. м и т.д..
В общем, ст. 170 НК РФ.

У меня ситуация сложилась противоположная. Оптовая фирма. Склад более 700 кв.м, основные потребители юрлица, сети и т.п.. Т.е. обычная система с НДС.
Но на склад иногда приходят люди и покупают товар. Им пробиваются чеки, выписываются счет-фактуры на НДС и накладные, как юр. лицам.
Налоговая включила тупаря, заявив, что продажа частным лицам должна была идти не по схеме НДС, а надо было ввести Раздельный Учет (при том, что всегда с ним борется, как с уходом от налогов), и продавать им по обложению ЕНВД.
И тут (самое главное, их зацепка, и для чего они включили тупаря) - они говорят, раз этого не сделали, ТО ВЕСЬ ПРОВЕРЯЕМЫЙ КВАРТАЛ НЕ ПРИЗНАЕТСЯ ПРАВИЛЬНО УПЛАТИВШИМ НАЛОГИ, В ТОМ ЧИСЛЕ НЕ ПРИЗНАЕТСЯ ВОЗМЕЩЕНИЕ НДС, т.е. предлагается заплатить НДС еще раз, после уже уплаченного через таможню, за весь квартал. Крючкотворство специальное такое, опираясь на дырку, т.е. не до конца определенность в законе, в частности ст.170, 9й абзац, где говорилось, что можно НЕ переходить на раздельный учет, если затраты на реализацию частникам менее 5% от общей (у меня 1.2%), но там было вначале "производство", которое налоговая трактовала строго, как производство ("на заводе"), а не производство прибавочной стоимости, как это трактовали Минфин (которому налоговая хоть и подчиняется, но плевала на его разъяснения) и бизнес.
И вот этот 9-й абзац ст.170 и поправили за время проверки, добавив к "производство", еще и "приобретение" и "и/или"реализацию" товара. Тем самым выведя однозначно ситуацию из "формально производство" (хотя и до этого налоговая проигрывала 75% судов, но я хочу решить досудебно)
(Далее я написал выше часть оснований моей правоты, но кстати, не все. Их на самом деле три. Но мало ли что. Вдруг опять Арбитраж. Если это будет так, я подумываю о всречном иске к налоговой через обычный суд, и о прокуратуре тоже, я думаю там будт уже соста на "предвзятость" и т.д. С другой стороны, они не просто так уволили проверяющую после моих им возражений в конце декабря, а уже после новогодних каникул она была уволена - похоже начинают прикрывать задницы, по чиновничьи)

Вот такие игры.

П.С.
Кстати, введение однозначной трактовки этой нормы полезно не только мне, но и, если ты еще занимаешься ценными бумагами, тебе.
Так как я во время изучения этого вопроса видел, что проблемы (и арбитражи) по этой ст.170 были и на рынке ценных бумаг.